Au début des années 1960, les 3000 ostréiculteur que compte alors le Bassin se mobilisent contre la pollution des eaux du Bassin par les rejets de la papeterie de Facture. Cette dernière rejette ses eaux de process très polluées directement dans la Leyre, et les fonds du Bassin sont brulés par ces rejets.
L’ADEBA est créée début 1964 pour fédérer cette mobilisation et conduire l’action contre le pollueur qui est attaqué en justice et condamné.
En même temps, les services de l’état et les élus étudient, sous la conduite du préfet, une solution technique efficace pour faire cesser cette pollution. Cette solution, le ceinturage du Bassin par un collecteur recueillant toutes les eaux usées, industrielles et urbaines, et leur traitement avant rejet à l’océan, sera progressivement mise en œuvre et a montré son efficacité.
Mais le Bassin est aussi victime de nombreuses autres sources de pollution. Ainsi l’ADEBA a participé activement, par exemple, à la lutte contre le clapage des sédiments de curage du port d’Arcachon, ou contre l’utilisation du TBT, particulièrement toxique pour les huîtres, dans les peintures antifouling.
Aujourd’hui, l’ADEBA reste très préoccupée par les conséquences du développement de l’urbanisation du Bassin (rejets, par le réseau pluvial, des produits utilisés pour la construction et l’entretien des bâtiments, des résidus des véhicules, …), du motonautisme (produits pétroliers, peintures antisalissures, surfréquentation du plan d’eau), des apports diffus du bassin versant (phytosanitaires, …) et mène sur ces sujets une veille active.
Un autre problème devient de plus en plus prégnant : la saturation du réseau des eaux usées, et son débordement qui vient polluer les eaux du Bassin. L’ADEBA se bat contre la cause première de ce problème, qui est la mauvaise gestion du réseau pluvial : depuis des décennies les collectivités misent sur la capacité d’infiltration du sol, alors que la nappe est affleurante ; dans le même temps, elles ont négligé les fossés, crastes et ruisseau dont la capacité d’écoulement a été fortement réduite avec l’urbanisation.